Período de incubação, discernimento e planeamento dum projeto ao serviço da pastoral universitária.
A 29 de Agosto é lançada e benzida a primeira pedra do Colégio.
Escolhido o brasão cujos os elementos traduzem uma mensagem perene para as sucessivas gerações desta instituição. O conteúdo está condensado na divisa: “Lucerna ardens et lucens” (Lâmpada que arde e ilumina).
No mês de maio é inaugurada a 1ª fase do complexo, com capacidade para 50 estudantes.
Inicia-se a construção da 2ª fase (pavilhão norte), que elevou a capacidade de 50 para 150 estudantes.
Conclusão das obras da 2ª fase (pavilhão norte) a 23 de janeiro. Nesse dia é celebrada a primeira eucaristia na nova e definitiva Igreja.
O plano de edificação do Colégio fica completo, alargando a área para 150 estudantes e com todas as estruturas essenciais: igreja, biblioteca, auditório, salas de estudo, bar, salas de TV, ginásio, parque desportivo.
O Colégio passou a dispor de um 4º piso e das instalações anteriormente destinadas ao Seminário, passando o número de estudantes para 180.
Este período caracterizou-se pela modernização do imóvel, colocando-se as instalações ao nível das exigências atuais.
Celebração do cinquentenário do Colégio: sessão solene para os estudantes do Colégio e suas famílias (21.10.2006); sessão solene para os antigos estudantes (27.01.2007); Eucaristia do cinquentenário (18.03.2007); Grande Gala no Hotel da Penha Longa (07.07.2007).
Obras de beneficiação do Colégio.
A 25 de maio, o Colégio celebra o seu 60º aniversário. No dia 27 de maio decorrem as celebrações deste aniversário e a comemoração do 100º do nascimento do Fundador e 1º Diretor, P. Joaquim Aguiar.
Do programa constou: inauguração da rua P. Joaquim Aguiar, descerramento do busto do P. Joaquim Aguiar na Galeria dos Diretores no Colégio, Sessão Solene de apresentação do livro «Educação e Cidadania», Eucaristia e almoço-convívio.