O brasão do Colégio traduz uma mensagem perene para as sucessivas gerações de estudantes, apresentando todo o ser do Colégio Universitário Pio XII.

O timbre é composto pela tiara pontifícia e duas chaves «decussadas» para indicar a presença viva do magistério da Igreja.

O escudo é em forma clássica com o campo tripartido.

No retângulo superior, encontra-se ao centro, um coração em chamas, rodeado por uma coroa de flores e atravessado por uma espada, símbolo da pertença do Colégio à Congregação dos Missionários Filhos do Imaculado Coração de Maria-Claretianos.

Na banda esquerda vê-se o brasão de armas do Papa Pio XII.

Nele estão as armas da família do pontífice, com o monte de três cômoros e a pomba, símbolo da paz, donde vem o nome Pacelli (o nome do Papa Pio XII era Eugénio Pacelli). O ramo de oliveira simboliza a esperança. O contra-chefe é um mar ondulado, e representa as águas revoltas da vida, por onde o Papa tem que conduzir a Igreja, a Barca de Pedro.

Na banda direita, uma robusta mão empunha um archote aceso que com a sua luz descreve uma cruz encimada pelo Alfa e Omega, para mostrar que toda a luz é sempre luz de Cristo, Princípio e fim de todas as coisas.

No listel, o lema é retirado do Evangelho de São João: «Lucerna ardens et lucens» Jo 5,35 (Lâmpada que arde e ilumina).

O sentido da frase era assim explicada pelo Fundador do Colégio, P. Joaquim Aguiar: «O lema do brasão de armas deste Colégio reza justamente “Lucerna ardens et lucens”. Queremos que os nossos jovens universitários iluminados pela luz da fé sejam, na frase evangélica, candelabro posto em lugar de destaque, que alumiem os seus companheiros do meio universitário e que a sua conduta de filhos da luz seja luminosa, dando testemunho daquela luz indeficiente que é Cristo Senhor Nosso».